След няколко часа опити да подкарам индексирането на някаква директория с това:

Options Indexes SymLinksifOwnerMatch FollowSymLinks
IndexOptions FoldersFirst IgnoreCase NameWidth=* FancyIndexing SuppressDescription
Order allow,deny
Allow from all

стигнах до извода че google може да помогне, понеже опитите ми до тук стигаха само до едно Directory index forbidden by rule: /some/path в лога на апача. Рових и верно не намерих нищо, което да ми помогне.
След почивка за храна реших ра поровя из околните на апач .conf-ове и Еврика! Ето го и злия ред в welcome.conf:

Options -Indexes

След закоментирането му всичко тръгна както си трябва.

За линукс става въпрос. Докато си се чудя коя директория ми пълни харда стигнах до удобен начин да проверя това:

du -sm $(find $1 -type d -maxdepth 1 -xdev) | sort -g

Това редче ще изведе всички поддиректории на текущата, като ги сортира по обем - най-пълните отдолу. При по-големи дървета може да се позабави.